文政三年二月十四日。南町奉行所では同心部屋詰めだった中村主水が書庫番に左遷、その空いた席に渡辺小五郎という同心が収まるという些細な人事異動が行われた。
その後、商売敵の播磨屋の仕組んだ火事により、上総屋が焼失し、千両箱が盗まれ、長女のお春が誘拐される事件が起きた。
播磨屋と手を組む勘定組頭浅倉忠次郎が、使い込んだ城内の金を穴埋めし、ついでにお春を我が物にしようと企み、播磨屋藤左衛門と手代の留に命じさせたものだった。
上総屋の生き残った次女佐知は、花御殿のお菊に導かれ、仕事人にお春救出を依頼する。
お菊は、播磨屋と浅倉の始末を、小五郎と経師屋の涼次、ふたりの仕事人に託した。
殺しが済んだのち、南町吟味方筆頭与力鳥山景意は、播磨屋と浅倉の死を上総屋から奪った千両を巡っての仲間割れとの裁定を下した。
小五郎は早すぎる決着に疑いを抱く。

涼次の正体は、伊賀の抜け忍者ヒグラシだった。
涼次の命を狙う伊賀忍者たちが江戸に潜入、ついに涼次の居場所を突き止め襲いかかってきた。
しかし他の仲間が江戸の俗世に溺れていくのを見て辟易した女忍者玉櫛は、涼次を助け仲間たちを全滅させる。

一方、小五郎は、年上の女性薫に思いを寄せるからくり屋の源太を応援していた。
源太は小五郎の後押しを受けて、ついに薫にプロポーズするが断られてしまう。
薫は夫を殺した地上げ屋加賀谷玄衛門を偶然発見し、その仇を討つ決意をしていた。

加賀谷は、父の彦左衛門・息子の玄衛門・番頭の増吉、安徳組の組頭喜助とで、土地を無理やり手に入れては住民を立ち退かせるという手段で、その地を高値で売り暴利をむさぼっていた。
今度の上総屋と播磨屋の一件も、両者を共倒れにしその土地を得ようと企んで、加賀谷が仕組んだことだった。
いままた加賀谷の魔の手が江戸の長屋におよび、長屋解体の陰で抵抗する町民を秘かに抹殺していった。
加賀谷を探っていたお菊は、加賀谷の黒幕が鳥居であることを突き止める。

薫は加賀谷に女中としてあがりこむが、玄衛門の暗殺に失敗し恨みごとを残して自ら命を絶った。
残された薫の息子作太郎は薫の恨みを晴らしてほしいと仕事人に依頼、そして源太を薫の恨みを晴らすために仕事人になる道を選んだ。

お菊の元に小五郎・涼次・主水のいままで組んだことのない仕事人たちと素人源太が集い、作太郎の出した仕事料と鳥居が小五郎にくれた五両を分配し、仕事に乗り出す。
その仕事の最中、涼次に迫る加賀谷の用心棒を駆けつけた玉櫛が退治し、彼女も忍びを捨て仕事人として江戸に残ると言い出した。
主水の言い分じゃないですが、仕事人のいらない世の中って無くならないもんですねえ。

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