腸内細菌の分類は、細菌の形態、生態、産生する物質などを基準にして行うのだが、まずエンテロコッカス、ラクトバチルスなどの「属」に分類される。次に腸内細菌の性質の違いから、フェカリス、フェシウムなどの「種」に分けられる。そしてこの「種」をさらに「株」へとわけるのだが、「株」は腸内細菌を研究する上で最小単位となる。