メタルギアソリッド　インテグラル

・隠し周波数

無線機の周波数を１４０．０７に合わせるとステージ毎にスタッフのメッセージが聞ける。
また、雪原や通信塔で１４０．６６に合わせると未使用ＢＧＭが聞ける。

・フォトグラフモード

ゲームを１度クリアすると、ＶＲディスクのエクストラにフォトグラフが追加され、メイリンやナオミの写真撮影会が行なえる。ただし写真を撮るには本編で「カメラ」を入手しておく必要がある。

・敵の配置が変化

メモリーカード内に本編のクリアデータがある状態で新しくゲームを始めると、敵の配置がクリア前と違った配置になっている。
なお、難易度をＬ２＋Ｒ２を押しながら決定すると、通常の敵配置で始めることができる。

・特殊コスチューム

オタコンと脱出編、メリルと脱出編の２つのルートをクリアすると、次のプレイ（３周目）ではスネークがタキシード姿になり、メリルが潜入服姿になる。

・主観視点モード

ゲームを１回クリアすると、スペシャルの中に主観視点モードが追加されている。
このモードは△を２回押すことで、主観視点のまま移動ができる。

・デモシアターモード

ゲームクリア後は、各デモシーンをストーリーにそって見ることができるデモシアターモードがスペシャルに追加される。

・メリルの下着姿

戦車格納庫Ｂ１のダクトで独房の中のメリルを覗くときに、局長を救い出さずに、ダクトから出てメリルの独房へ戻るという動作を繰り返す。
するとメリルの行っている運動と服装が変化し、何回も見ていると下着姿でストレッチをするようになる。

・メリルの特殊な行動

メリルと行動を共にしている時に下記の特殊な行動が可能。
１．主観視点でメリルを見つめると、メリルが赤くなる。
　　逆にメリルを攻撃すると、平手打ちの反撃を受けてしまう（もちろん体力も減る）
２．メリルに反撃を受けたのが洞窟で、この時にダンボールを装備していると、狼犬に小便をかけられる。
　　しかしダンボールに臭いが付き、以後狼犬に襲われなくなる。
３．メリルが狙撃された後に、スネーク自身がメリルを攻撃すると、キャンベルなどから無線で怒られる。

・スネークを助ける血清の作り方

ポケステにクリアデータをセーブした状態で、７日以内に５人から赤外線通信を使用してクリアデータを集める。

・隠しＶＲモード

ＶＲ訓練モードは、条件を満たすごとにステージが追加されていく。

モード	出現条件
ADVANCED MODE	SNEAKING MODE-NO WEAPONの全PRACTICEとWEAPON MODE-各武器・全PRACTICEをクリアする
VS.12 BATTLE	ADVANCED MODE各武器・全PRACTICEをクリアする
VR-MISSON	SNEAKING MODE-NO WEAPONの各PRACTICEとSNEAKING MODE-SOCOMの全PRACTICE-各武器・全PRACTICEとADVANCED MODE各武器・全PRACTICEをクリアする
PUZZLE	クリア率５０％
VARIETY	クリア率６０％
MYSTERY	クリア率７０％
NG SELECTION	クリア率８０％
NINJA	ポケステで血清を作成する

・忍者ステージ

ポケステを使ったウラワザで血清を作りスネークを助けると、VR訓練モードで「忍者ステージ」が選択可能になる。

・映像特典が追加

VR訓練の達成率が４５％と７５％を越えると、映像特典に新たな映像がそれぞれ追加される。

・アニメーションが見られる

クリア後のデータをポケステにセーブすると、各称号によってアニメーションが変化する。

・スタンバイモード

ポケステを起動した状態で１分以上何も入力しないでいると、最初に「ピー」と音が鳴り、画面右上に「ヒデオ」と表示されてから完全スリープ状態になる。
なお通常モードに戻るには決定ボタンを押す。