・アヒル出現
メニューセレクト画面で約１分何もしないでいると、アヒルが階段の陰から顔を出す。 ensemble1と違い、増殖はしない。
・ボーナストラック
「悠久幻想曲ｅｎｓｅｍｂｌｅ２」のＣＤ−ＲＯＭをＣＤプレイヤーで聴くと、警告メッセージやオープニングテーマ、エンディングテーマ(両方にカラオケバージョンもある)を聴くことができる。 また、警告メッセージ（ミニドラマ？）はＰＳ版とＳＳ版では内容が異なっている。
