てんきけんきゅうじょでアクア団幹部のイズミとバトル。
　勝つとアクア団は引き上げる。研究者からお礼としてポワルンがもらえる。
　２つ目の橋を渡るとハルカ（ユウキ）とバトルに突入。
　相手の手持ち　ハスブレロＬｖ．２９　マグマッグ（もしくはコータスもしくはキャモメ）Ｌｖ．２９
　ワカシャモ（もしくはヌマクローもしくはジュプトル）Ｌｖ．３１
　勝つとひでんマシン０２「そらをとぶ」がもらえる。

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　◆１２０ばんどうろ

　橋を渡る途中でダイゴに会う。
　デボンスコープを使って野生のカクレオンＬｖ．３０とバトル。
　バトル終了後にダイゴからデボンスコープがもらえる。

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　◆ヒワマキシティ

　ジムへの道をふさいでいる何かがカクレオンと判明するし、逃げていく。
　ヒワマキジムジムリーダーナギとバトル。
　相手の手持ち　チルットＬｖ．２９　トロピウスＬｖ．２９　ペリッパーＬｖ．３０
　エアームドＬｖ．３１　チルタリスＬｖ．３３
　勝つとフェザーバッジとわざマシン４０「つばめがえし」がもらえる。
　ジムを出るとエニシダからポケナビに連絡が入る。

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　◆１２１ばんどうろ

　アクア団がおくりびやまに向かうところを発見する。

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　◆ミナモシティ

　ミナモデパートの前にいるハルカ（ユウキ）とバトル。
　相手の手持ち　　トロピウスＬｖ．３１　ルンパッパＬｖ．３２
　マグマッグ（もしくはコータスもしくはキャモメ）Ｌｖ．３２
　ワカシャモ（もしくはヌマクローもしくはジュプトル）Ｌｖ．３３

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　◆おくりびやま

　頂上でアクア団とバトル。リーダーアオギリとの会話の後、去っていく。
　おばあさんから「マグマのしるし」をもらう。

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　◆デコボコさんどう

　「マグマのしるし」に反応してマグマ団のアジトが見つかる。

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　◆マグマだんのアジト

　グラードンのいる場所でリーダーマツブサとバトル。
　相手の手持ち　グラエナＬｖ．３７　クロバットＬｖ．３８　バクーダＬｖ．３９
　バトルに勝つとマツブサは去っていく。

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　◆カイナシティ

　ぞうせんじょの前でインタビューを受けているクスノキと話す。
　ぞうせんじょ内にアクア団が現れ、せんすいていを奪っていく。

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　◆ミナモシティ

　右側の海にあるアクア団のアジトに入る。

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　◆アクアだんのアジト

　マスターボールを手に入れる。
　幹部ウシオとのバトルに勝利するとせんすいていはどこかの海底に行ってしまう。

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　◆トクサネシティ

　１２４ばんすいどうを渡ってトクサネシティへ行く。
　トクサネうちゅうセンターの近くでエニシダに会う。センター内でダイゴに会う。
　トクサネジムジムリーダーフウとランとバトル。
　相手の手持ち　ネイティオＬｖ．４１　ネンドールＬｖ．４１　ルナトーンＬｖ．４２　ソルロックＬｖ．４２
　勝つとマインドバッジとわざマシン０８「めいそう」がもらえる。
　トクサネうちゅうセンターでマグマ団が燃料を奪おうとしている。
　ダイゴとタッグを組んでマグマ団幹部のホムラとリーダーのマツブサとダブルバトル。
　相手の手持ち　バクーダＬｖ．３６　グラエナＬｖ．３８　ゴルバットＬｖ．４０
　グラエナＬｖ．４２　クロバットＬｖ．４３　バクーダＬｖ．４４
　勝つとマグマ団は去っていく。
　ダイゴの家でダイゴからひでんマシン０８「ダイビング」をもらう。　

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　◆かいていどうくつ

　１２８ばんすいどうで「ダイビング」を使い、かいていどうくつに入る。
　カイオーガの前でアクア団リーダーのアオギリとバトル。
　相手の手持ち　グラエナＬｖ．４１　クロバットＬｖ．４１　サメハダーＬｖ．４３
　バトルに勝つと外は異常気象になっている。マツブサ、ダイゴが現れる。

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　◆ルネシティ

　１２６ばんすいどうから「ダイビング」でルネシティに入る。
　水上でカイオーガとグラードンが争っている。
　めざめのほこらに行くとミクリがいる。質問に「そらのはしら」と答える。

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　◆そらのはしら

　１３１ばんすいどうからそらのはしらに行く。頂きでレックウザを見つけると飛び去っていく。

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　◆ルネシティ

　水上で争っているカイオーガとグラードンの前にレックウザが現れ、２匹が静まる。
　３匹のポケモンが去った後、ミクリからひでんマシン０７「たきのぼり」がもらえる。
　ルネジムジムリーダーアダンとバトル。
　相手の手持ち　ラブカスＬｖ．４１　ナマズンＬｖ．４１　トドグラーＬｖ．４３
　シザリガーＬｖ．４３　キングドラＬｖ．４６
　勝つとレインバッジとわざマシン０３「みずのはどう」がもらえる。

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　◆チャンピオンロード

　１２８ばんどうろ→サイユウシティ（「たきのぼり」で入る）を経由してチャンピオンロードへ。
　１階でミツルとバトル。
　相手の手持ち　チルタリスＬｖ．４４　ロゼリアＬｖ．４４　エネコロロＬｖ．４３
　レアコイルＬｖ．４１　サーナイトＬｖ．４５

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　◆ポケモンリーグ

　四天王カゲツ・フヨウ・プリム・ゲンジとバトル。
　カゲツの手持ち　グラエナＬｖ．４６　ダーテングＬｖ．４８　ノクタスＬｖ．４６
　シザリガーＬｖ．４８　アブソルＬｖ．４９

　フヨウの手持ち　サマヨールＬｖ．４８　ジュペッタＬｖ．４９　ヤミラミＬｖ．５０
　ジュペッタＬｖ．４９　サマヨールＬｖ．５１

　プリムの手持ち　オニゴーリＬｖ．５０　トドグラーＬｖ．５０　トドグラーＬｖ．５２
　オニゴーリＬｖ．５２　トドゼルガＬｖ．５３

　ゲンジの手持ち　コモルーＬｖ．５２　チルタリスＬｖ．５４　フライゴンＬｖ．５３
　キングドラＬｖ．５３　ボーマンダＬｖ．５５

　チャンピオンのミクリ（！）とファイナルバトル！！
　相手の手持ち　ホエルオーＬｖ．５７　ルンパッパＬｖ．５６　ドククラゲＬｖ．５５
　ナマズンＬｖ．５６　ギャラドスＬｖ．５６　ミロカロスＬｖ．５８
　ミクリに勝てば殿堂入り、そしてエンディング！！

　殿堂入りを果たした後はなつかしいミシロタウンに戻ってきている。
　でも旅が終わったわけではない。
　センリから渡されたふねのチケットから新たな冒険が始まる！！　〜おしまい〜