長崎にて切支丹狩りが行われた。その中を逃げ延びる男女が二人。一人は伝道師宗次郎、もう一人は彼と祝言をあげる予定だった大黒屋の娘お小夜。二人は江戸での再会を誓い別れた。
この切支丹狩りを指揮したのは長崎奉行加納源太夫。加納もまた御目付役に就任し江戸へ。
江戸でも加納は切支丹弾圧の手を緩めなかったが、実は金持ちの信者を強請ったのちその脅しに従わなかった者を抹殺していたのだ。
お小夜はやがて江戸で布教活動を続ける宗次郎と再会を果たす。
しかし宗次郎は加納と通じており大金を持つ者を信者に誘い込む役目を負っていた。お小夜は宗次郎が信者を売っていたことを知ったために、加納に犯された上抹殺されてしまう。

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