南町奉行筒井和泉守政憲の密命により、仕事人殲滅のための特殊部隊「覆面組」が結成された。
久々に江戸へ戻ってきた秀は、覆面組に待ち伏せられた昔の仲間紋太と再会、家族を守るため敢えて自害を選んだ紋太の意志を継ぎ、紋太の妻さだと娘みよを守ることになった。

人事異動で定中役に就任した主水は、その初仕事として松平宮内少輔の屋敷へ出向く。
松平屋敷では、ねずみ小僧の霊が憑いた中老お初が乱心、そのため屋敷中が大騒ぎになっていた。
主水はお初と接触、彼女は正気であり、屋敷外の人間とコンタクトを取るために今回の乱心騒ぎを起こしたのだと知る。

お初は主水に語る。
28年前、お初は松平家の中間次郎吉と不義の恋に落ち、二人とも屋敷を追放されるはずだった。
その頃松平家では公金の帳尻が合わず、重役らはその罪を次郎吉に被せようとした。
重役から出された"二人の結婚を認める代わりに公金横領の罪を背負う"という交換条件を了承した次郎吉。
しかし屋敷を出た次郎吉はすぐさま町方に捕らえられ、怪盗ねずみ小僧の名を着せられ処刑されてしまった。
当時次郎吉の娘を出産したお初は、娘を罪人の子として里子に出され、以後この屋敷で飼い殺しになった。

お初は、仕事人に次郎吉を殺された恨みを晴らしてもらうべく、主水に依頼状と仕事料を手渡した。
主水はこの仕事を元締初瀬に知らせるが、仕事人狩りをおそれて殺しを辞退し、お初と生き別れた娘を引き合わせるのがお初のためじゃないかと自分の考えを明らかにする。

この仕事は、紋太の仲間だった夢次・お歌と、真の悪に下す裁きを仕事人に求めた首切り役人山田朝右衛門が行うこととなった。
28年前に次郎吉の首を斬ったのは、朝右衛門だった。お初の依頼状を見た朝右衛門はショックを隠せない。
松平家を得意先とする夢次は、次の日に屋敷に上がり、松平家と守山・高須・西条各藩の留守居役四人の密談を耳にする。三藩の留守居役が鼠小僧でっちあげの張本人だった。松平家はそれに手を貸したのである。三藩は各藩の公金の帳尻合わせをもみ消すため、今まで生かしておいたお初とその娘の抹殺を決断する。

主水はお初の娘お梅を探し出すが、それは留守居役たちに抱き込まれた主水の同僚林権三郎によって一味に知れ渡った。一味に誘い出されお梅と28年振りの再会を果たしたお初は、娘もろとも一味に殺されてしまう。
お初が仕事人に殺しを依頼したと睨んだ林は、お初が主水に文を届けさせた上野東照宮に目をつける。そして夢次・お歌・朝右衛門のいる東照宮が覆面組に襲われた。東照宮に主水と秀も駆けつけ、覆面組を一掃、その中には林も含まれていた。

遂に主水も殺しへの参加を決意する。そして秀も仲間に加わった。

［必殺日本史］ねずみ小僧次郎吉が処刑されたのは天保３(1832)年８月18日。その28年後の万延元(1860)年に今回の事件が発生する。また南町奉行所に張り出された人事異動発令名簿には11月と記されていた。

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