◆ポケモン総合研究所
・所長室でリリアからマナを探して欲しい、と頼まれる
・主人公の部屋でP★DAを手に入れる
・2階の机の下に隠れているハイドから、マナがカミンコ博士の屋敷にいることを教えてもらう 
◆カミンコ博士の屋敷
・助手のチョビンとバトル、マナを見つけて連れて帰る

◆ポケモン総合研究所
・ラボ1階にいるクレイン所長からスナッチマシンをもらう
・クレインを連れ去ろうとする謎の戦闘員とバトル、ヒメグマLv.11をスナッチする
・2階でリリアから、アイオポートのパーツショップまでおつかいに行くよう頼まれる
・ジョシュアから「クレインメモ1・2」をもらう
◆アイオポート
・ザクスカに襲われそうになったところを、メチャリッチたちに助けられる
・パーツショップにいる航海士から、イーブイを進化させるどうぐのうち、1つをもらう

◆カミンコ博士の屋敷
・助手のチョビンとバトル、中にいるルースに会う

◆アイオポート
・橋の近くにいるザックに会い、パーツショップで「マシンパーツ」をもらう
登場ダークポケモン:ポチエナLv.10 レディバLv.10

◆ポケモン総合研究所
・ジョシュアから「クレインメモ3・4・5」をもらう
・2階にいるリリアに「マシンパーツ」を渡す

◆アゲトビレッジ
・ローガンの家を訪れる
・ほがらかおじいさんのデントレから「コロンケース」をもらう
・せいなるほこらでローガンとバトル

◆バトル山
・ブース1〜3にいるトレーナーとバトル、セネティに話を聞く

◆シャドーのラボ
・地下1階で「IDカード」を入手する
・地下2階で連れ去られたクレインを発見する
・シャドー幹部ラブリナとバトル(ラブカスLv.20 アゲハントLv.19 ロゼリアLv.19 エネコロロLv.18)
・地面で光っている「データロム」を手に入れる
他のダークポケモン:デルビルLv.17 タマザラシLv.17 ヤジロンLv.17 メリープLv.17 ゴクリンLv.17 タネボーLv.17 イトマルLv.14 ドンメルLv.14 キバニアLv.15 キノココLv.15

◆ポケモン総合研究所
・リライブホールが完成する
・外にいるバスターに話しかけて解析途中の「データロム」を受け取る

◆パイラタウン
・ONBSビル2階でレンと話す
・ONBSビル4階にいるスレッドに「データロム」を渡す
・クロから、ギンザルがいる岩場のポケスポットを教えてもらう

◆岩場
・ギンザルから野生ポケモンの捕まえ方を教えてもらい、「ポケまんま」をもらう

◆オアシス
・ギンザルから「野生のナックラー・ウパー・アメタマを捕まえてほしい」と頼まれる

◆洞窟
・さすらいのミラーボとバトル(ハスブレロLv.17 ハスブレロLv.17 ハスブレロLv.17 ビリリダマLv.19
・「ミラーボレーダー」を手に入れる

◆パイラタウン
・ONBSビルがシャドーに占拠され、シホが人質にされる
・スレッドの部屋で、シャドー戦闘隊長のダカッチャとバトル
(ドゴームLv.23 キリンリキLv.23 ライチュウLv.23 クチートLv.22)
・スレッドから「シャドーが次にフェナスシティを襲う計画がある」という話を聞く
他のダークポケモン:マクノシタLv.18 ロコンLv.18 ヨマワルLv.19 ラルトスLv.20

◆フェナスシティ
・町の入り口で女性から「ディスクケース」をもらい、ラルガタワーへ向かう

◆ラルガタワー
・ラルガタワーに入って施設を一巡りし、フェナスシティにもどる

◆フェナスシティ
・民家で「おんがくソフト」を手に入れる
・市長の家1階で秘書に話しかけて「おんがくソフト」を渡す
・2階で「しちょうのてがみ」を手に入れ、シャドー戦闘員2人とバトル
・トレトレにいる偽セイギやシャドー戦闘員とバトル
・フェナススタジアムでシャドー幹部のワズルとバトル
(ランターンLv.26 ヌオーLv.26 ポワルンLv.27 メタングLv.28 ルナトーンLv.25)
「エレベーターキー」を入手し、トレトレ右側のデスクで使う
・地下1階に閉じ込められていた人々を救う
・セイギから、あやしげな北の砂漠について教えてもらう
他のダークポケモン:ユキワラシLv.20 クヌギダマLv.20 ネイティLv.22 ロゼリアLv.22 ニャースLv.22 ウリムーLv.22 オニスズメLv.22 ベトベターLv.23 パウワウLv.23
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