裏世界の大物"闇の御前"こと捌き屋小兵衛と甥の長一郎が絡む山城屋乗っ取りを捜査していた北町同心関根啓之進。
その関根に事件から手を引けと言わんばかりに、関根の妻たえの両親が殺され、たえも誘拐されてしまう。関根はたえを返してもらうために、奉行所を退職して捜査を中止せよとの長一郎の要求を受け入れる。
ところがたえは長一郎の囲い者に成り下がっていた。たえは救出に来た関根を追い返してしまう。それは長一郎を殺す機会を伺うためにたえが考えた結果だった。
ある日、たえは遂に長一郎抹殺のチャンスを見出し匕首片手に襲いかかるが失敗、町中へ逃げ出したたえは衆人監視のなかで長一郎に刺し殺されてしまう。
そこへ駆けつけた主水は、たえ殺しの犯人をその場で捕縛。その直後に犯人が長一郎だと知って青ざめる。
その後、主水は小兵衛の元へ呼び出され、小兵衛から長一郎を脱獄させるよう命令される。中村家全員の命を盾に取られ、奉行所から一歩も身動きがとれなくなった主水は、微罪で牢屋入りした半次を介して仕留人に小兵衛一味殺しを依頼する。この依頼は、主水が時間稼ぎできるリミット３日以内に、主水抜きで、居所不明の小兵衛を仕留めるという難しい仕事となった。
仕留人は小兵衛の居場所を探るべく行動を開始するが、ことあるごとに関根が小兵衛や姪のおなつに奇襲をかけるせいで、なかなか思うように探索が進展しない。
そんななか、小兵衛に繋がる北町与力今岡弥九郎の手引きで奉行所に入り込んだ小兵衛の手下辰吉が主水の命を狙う。主水はこれを撃退、辰吉を刑場で刺し殺した。そして今岡も小兵衛の手下に口を封じられる。
遂に打つ手の無くなった仕留人に、小兵衛の趣味が香を利くことだという主水からの有力情報が寄せられた。無数の手下の網をかいくぐり、小兵衛が参加する香の会会場の潜入に成功する貢と大吉。
いよいよ仕留の時が来た。

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