米問屋備前屋大八は、火事で焼け出された人々に食事を施したりする気のいい人物。しじみ売りの少年佐助は大八から人間の本当の勇気について聞かされ深い感銘を受ける。
ある日、チンピラに絡まれる町娘を見かけた佐助は、大八の言葉を思い出しチンピラに立ち向かう。ところがチンピラにボコられるわ、たまたま通りかかった大八に助けを求めても無視されるわで、散々な目に遭う。
一方、備前屋では牢に入れられ幽閉同然の身である内儀よねが牢を脱走して騒ぎになる。その場に居合わせた岡っ引き虎松は、備前屋に目を付け半年前の先代殺しに疑問を持つようになる。下手人の夜鴉の三次は遠島になったがその後島抜けしていた。
先の一件で大八に裏切られた佐助は、嫌がらせ目的で備前屋に乗り込んだあげく、成り行きでよねを人質に自身番に立て籠ってしまう。佐助は大八にみんなの前で謝れと要求する。
時を同じくして虎松が大八に先代殺しの真相を追及しようと備前屋を訪ねてきた。虎松は既に夜鴉の三次との接触を果たし、先代を殺したのは当時番頭だった大八である事を知っていた。
籠城騒ぎは拡大する一方。遂に奉行所から町方が出動する。焦った虎松と大八は自身番に突入、佐助を捕り逃がすものの、よねを殺害しそれを佐助の仕業に仕立て上げる。備前屋を手に入れるために先代を殺した大八にとって、やはりよねも邪魔者だったのだ。
その後、佐助は偶然にも大吉の家に逃げ込む。次々と石屋に集まる仕留人たち。主水たちに一通り事情を説明した佐助は、死なせてしまったよねに詫びるため、主水の制止を振り切って自身番へと飛び込んでいく。そこで待っていた虎松に殺されるとも知らずに…。
よねが佐助に託し、佐助が置いていった４両を頼み料にして、主水たちは虎松・大八・三次殺しに動き出す。

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