南町奉行所同心の中に、金を貰って人殺しを引き受ける闇の殺し屋がいる。
そんな目安箱の投書に注目した早川様は、主水に同僚たちを探るよう命じた。
昼行灯の主水なら同心たちに怪しまれることはないだろう、早川様はそう考えていた。
早川様と主水の密談を立ち聞きしていた同心中山利平は、その極秘命令に自分も加わりたいと願い出る。
実は中山も主水同様、婿養子の昼行灯として名が通っていた。

同心生活30年ろくな手柄を立てたことがない中山だったが、その裏では密かに闇の殺し屋のリサーチをおこなっていた。中山は闇の殺し屋を探し出し、その手柄を土産に隠居しようと考える。そして同心株を娘さわの婿仁吉に譲ろうとしていた。
そんな中山は、同僚である主水を疑ってかかり、左門の立ち振る舞いに殺し屋の匂いを感じ取る。
これに対して仕事人たちは上総屋に集結、議論の結果主水が中山を斬ることになった。

事態急変。闇の殺し屋が中山利平であるという新たな投書が舞い込んだ。
中山は奉行所で捕らえられ、ひどい獄門を受け、おまけに妻つるから離縁を突き付けられる始末。
実はつるは仁吉とデキていて、中山が仁吉に譲ろうとしなかった家督と同心職を奪い取るため、中山を罠にはめたのだ。例の投書も二人の仕業だった。
それに気付いた中山は、つると仁吉の願いを叶えるため、自分が闇の殺し屋であると嘘の自供をしてしまう。

闇の殺し屋の濡れ衣を自ら着た中山を牢破りしてでも救い出そうとする主水のもとに、中山自殺するの報が飛び込んで来た。
早川様は、死んでいった者への情けとして、中山の死を病死として処理することにしてやった。

また中山家では、つると仁吉の密談を聞いてしまったさわが仁吉に刺し殺された。
殺されたさわを依頼人に仕立て、つると仁吉殺しを引き受ける主水たち。

中山に代わり仁吉が奉行所に初出仕する前夜、仕事人は中山家を攻め落とす。
そして主水は中山の闇の殺し屋ファイルを発見した。その書類に書かれたあまりに詳しすぎる内容に、主水は驚きを隠せなかった。

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